El aeropuerto de Donostia, junto con el de Bilbao y el de Gasteiz, ha conseguido la certificación europea que avala que todas las instalaciones, sistemas, equipos, servicios y procedimientos cumplen con los criterios europeos sobre seguridad operacional y con los establecidos por la Organización de Aviación Civil Internacional (OACI).
El de Donostia ha sido el último aeropuerto en recibir el Certificado Europeo de Seguridad Operacional de acuerdo con el Reglamento Europeo 139/2014.
Actualmente son 35 los aeródromos certificados, todos los comerciales que superan unos valores establecidos de transporte de pasajeros o carga.
