Una gran caída a cinco kilómetros para el final dejó sin opciones de victoria a Julian Alaphilippe (Deceuninck-Quick Step), que se postulaba como favorito para llevarse esta tercera etapa de la Itzulia. Junto al francés, hombres como Enric Mas (Deceuninck-Quick Step), Geraint Thomas y Michal Kwiatkowski (Team SKY) también estuvieron involucrados y perdieron tiempo en la línea de meta de Estibaliz, donde Schachmann ganó con facilidad en la rampa que picaba hacia arriba. Debido a la caída final, Ion Izagirre (Astana Pro Team), que acabó quinto la etapa, ocupa el segundo puesto en la general a 33 segundos. Su compañero Pello Bilbao y Mikel Landa (Movistar Team) también dan un paso de gigante en la general.
José Joaquín Rojas (Movistar Team), Benjamin King (Team Dimension Data), Bruno Armirail (Groupama – FDJ), Julien Bernard y Toms Skujins (Trek Segafredo), Gari Bravo (Euskadi Murias) y José Fernandes y Nicolas Sessler (Burgos – BH) se encargaron encabezar la carrera desde el principio. De estos ocho repitieron fuga el lazkaotarra del Murias y el francés del Trek, ya que ocupaban las dos primeras plazas de la clasificación de montaña. Con dos puertos puntuables, lo dieron todo para sumar el máximo de puntos posibles y Bravo salió, de nuevo, beneficioso de la etapa al sumar los suficientes puntos como para mantener el maillot.
Como decía anteriormente, la jornada estaba complementada con dos puertos puntuables (Goñi, de 2ª, y Opakua, de 3ª) y otros dos sprints especiales, además de las bonificaciones en meta. Antes de la salida real el pelotón tuvo 17 kilómetros neutralizados y en dicha distancia la carrera se retrasó, por lo que a meta llegaron más tarde que la hora estimada. Y antes de la primera hora de carrera Steven Cummings (Team Dimension Data) abandonó la carrera por culpa de una caída; y más tarde lo mismo haría Steff Cras (Teak Katusha-Alpecin) por la misma razón. Patrick Bevin (CCC Team), Ángel Madrazo (Burgos BH) y el fugado Fernandes tampoco llegaron a meta. La etapa estuvo marcada con severas caídas, además de las mencionadas.
El paso por Opakua recorta distancias
Después de gozar sobre cuatro minutos respecto al pelotón, los escapados comenzaron a subir Opakua con aproximadamente dos minutos de ventaja. Nada más coronar el último puerto de la jornada la ventaja se redujo medio minuto y cogió tendencia de rebajarse cada vez más. El líder Schachmann no tuvo que vigilar a Alaphilippe en los dos sprints especiales, ya que en ambos puntos los escapados rodaban por delante. Sin embargo, cuando todos los pronósticos apuntaban que la victoria final estuviera entre los dos, una fea caída a cinco kilómetros del final borró al francés de alzar los brazos en la línea de meta de Estibaliz.
Antes de esto, ciclistas como Fernandes y Bravo perdieron contacto con la fuga y finalmente el pelotón echó abajo la escapada a cuatro del final. Junto a Alaphilippe, gallos como Enric Mas (Deceuninck-Quick Step), Geraint Thomas y Kwiatkowski (Team SKY) tampoco pudieron salvar la caída y perdieron gran parte de sus opciones para hacerse con el primer puesto de la general tras perder demasiado tiempo.
La etapa se decidió al sprint con un magistral Schachmann, que es más líder gracias a los 10 segundos de bonificación que sumó en meta tras llegar como una aeronave. Segundo fue Diego Ulissi (UAE Team Emirates) y tercero Enrico Battaglin (Team Katusha-Alpecin). El mejor vasco fue Ion Izagirre, séptimo.